I'm assistant professor in computer science & bioinformatics at the Université Lille 1. I belong to the I.E.E.A UFR, most of my teaching is done in the F.I.L.. I'm part of the SEQUOIA team located in the LIFL Lab. and the INRIA Lille - Nord Europe Research Center.
My research interests include bioinformatics, string algorithms, and text indexing.
Centre INRIA Lille - Nord Europephone: +33 3 59 57 79 12, lab. fax: +33 3 59 57 78 50
Parc Scientifique de la Haute Borne - Park Plaza A
40, avenue Halley
59650 Villeneuve d'Ascq - France
Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille,phone: +33 3 28 77 85 55, lab. fax: +33 3 28 77 85 37
UMR CNRS 8022, Bat M3 Ext.
Université Lille1 - Sciences et Technologies
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France
|
API 1 (2007-2010) |
algorithmes et programmation impérative contrôles de TD |
mai 2009 | |
| sxw | |||
| avril 2008 | |||
| sxw | |||
| mars 2008 | |||
| sxw | |||
|
API 2 (2005-2006) |
algorithmes et programmation impérative contrôles de TD |
octobre 2005 | |
| sxw | |||
| novembre 2005 | |||
| sxw | |||
|
ASE (2005-2009) |
architecture des systèmes d'exploitation contrôles de TD |
novembre 2008 | |
| ps.gz | |||
| novembre 2007 | |||
| ps.gz | |||
| novembre 2006 | |||
| ps.gz | |||
| novembre 2005 | |||
| ps.gz | |||
| TD associé | html | ||
|
BIOINFO (2008-2010) |
IUP-GenPro, cours et TD (connection requise) |
moodle | html |
| cours | dir | ||
| TDs | dir | ||
|
BIOINFO (2005-2006) |
MGM, cours/TP | cours/TP | dir |
|
BIOINFO (2008-2010) |
MRI, cours bioinfo-algo | cours | html |
|
ELFE (2005-2010) |
programmation logique (PL) et fonctionelle (PF) anciens contrôles de TDs (désormais évalué par 2 examens PF/PL) |
octobre 2005 | |
| decembre 2005 | |||
|
PDC (2007-2008) |
Pratique du C proposition de TP sur les triminos (l'idée vient d'un TP d'EIFFEL de l'ESIAL) |
sujet | |
| tex | |||
| exemples | c | ||
| mac-i686.bin | |||
| linux-i686.bin | |||
| win-i686.bin | |||
|
RSX (2005-2010) |
Reseaux : Divers + contrôles de TD | td3-exo1 | c |
| td3-exo6-q3-v1 | |||
| svg | |||
| td3-exo6-q3-v2 | |||
| svg | |||
| TD3 associé | ps | ||
| tp3-dns | txt | ||
| tp3-rfc1035 | txt | ||
| TP3 associé | |||
| avril 2008 | |||
| ps.gz | |||
| mai 2007 | |||
| ps.gz | |||
| juin 2006 | |||
| ps.gz | |||
|
Java (2003-2005) |
examens en MIAS2 (Epinal) | janvier 2003 | |
| ps.gz | |||
| janvier 2003 (annexes) | |||
| ps.gz | |||
| janvier 2004 | |||
| ps.gz | |||
| janvier 2004 (annexes) | |||
| ps.gz | |||
| septembre 2004 | |||
| ps.gz | |||
| janvier 2005 | |||
| ps.gz | |||
| janvier 2005 (annexes) | |||
| ps.gz | |||
| juin 2005 | |||
| ps.gz | |||
|
Java (2003-2005) |
TD/TP en MIAS2 (Epinal) | TDs Java | zip |
| TP Diamond Mine | zip | ||
| tar.gz | |||
| online |
| AMB 2010 | Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations |
paper (en) |
html |
| TCBB 2009 | On subset seeds for protein alignment |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| WABI 2009 |
Back-translation for discovering distant protein homologies ( © Springer-Verlag ) |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| slides | |||
| JOBIM 2009 | Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment |
paper (en) |
|
| BMC Bioinformatics 2008 | Optimal neighborhood indexing for protein similarity search |
paper (en) |
html |
| ALBIO 2008 |
Efficient seeding techniques for protein similarity search ( © Springer-Verlag ) |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| slides | |||
| Trends in Genetics 2007 | Reconsidering the significance of genomic word frequencies |
paper (en) |
html |
| CIAA 2007 |
Subset seed automaton ( © Springer-Verlag ) |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| slides | |||
| PBC 2007 |
Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware ( © Springer-Verlag ) |
paper (en) |
html |
| JBCB 2006 | A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| NAR 2005 | YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search |
paper (en) |
html |
| WABI 2005 |
A unifying framework for seed sensitivity and
its application to subset seeds (extended abstract)
( © Springer-Verlag ) |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| TCBB 2005 | Multiseed Lossless Filtration |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| BMC Bioinformatics 2004 | Improved hit criteria for DNA local alignment |
paper (en) |
html |
| CPM 2004 |
Multi-Seed Lossless Filtration (extended abstract) ( © Springer-Verlag ) |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| BIBE 2004 | Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments |
paper (en) |
html |
| ps.gz | |||
| slides | pps | ||
| JOBIM 2004 | Improved hit criteria for DNA local alignment |
paper (en) |
|
| ps.gz | |||
| slides | pps | ||
| Research Report | A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds |
paper (en) |
|
| ps.gz | |||
| link | html | ||
| Research Report | Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments |
paper (en) |
|
| ps.gz | |||
| link | html | ||
| Research Report | YASS : similarity search in DNA sequences |
paper (en) |
|
| ps.gz | |||
| link | html | ||
| Thèse | Recherche de similarités dans les séquences d'ADN: modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces | rapport (fr) | ps.gz |
| exposé (fr) | pps | ||
| DEA | recherche de répétitions distantes dans les séquences | rapport (fr) | ps.gz |
| exposé (fr) | pps |
| poster WABI 2009 | Read mapping tool for AB SOLiD data |
abstract (en) |
|
| ps.gz | |||
|
poster (en) |
|||
| svg | |||
|
Journées au vert (mai 09) |
Alignement SIMD pour le read mapping |
slides (fr) |
|
| poster JOBIM 2008 | Protein sequence alignment via anti-translation |
abstract (en) |
|
|
Journées Cocogen (mar 08) |
Quelques slides sur les graines ... |
slides (en) |
|
|
Journées algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique (sept 07) |
Automate de graines sous-ensemble |
slides (en) |
|
|
résumé (fr) |
|||
|
journées (fr) |
html | ||
| poster JOBIM 2007 | Graines espacées et recherche d'ARN non-codants |
abstract (fr) |
|
|
Exposé équipe (mar 06) |
Comparaison de séquences génomiques | exposé (fr) | |
|
Thèse (sep 05) |
Recherche de similarités dans les séquences d'ADN: modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces | exposé (fr) | pps |
|
AS Indexation du texte et Découverte de motifs (dec 04) |
Sensibilité de graines espacées du type subset seed | exposé (fr) | pps |
| résumé | |||
|
AS Index et Motifs (may 04) |
Sélection d'oligonucléotides spécifiques à l'aide de familles de graines | exposé (fr) | pps |
| résumé | |||
|
Séminaire Symbiose (mar 04) |
Techniques de filtrage à l'aide de graines espacées | exposé (fr) | pps |
|
Mathématiques pour le génome (dec 03) |
Filtrage à l'aide de graines pour l'alignement local | exposé (fr) | pps |
|
AS Index et Motifs (oct 03) |
Utilisation de familles de graines pour la recherche de motifs par filtrage | exposé (fr) | pps |
| résumé | |||
|
Ecole Jeunes Chercheurs en Algorithmique et Calcul Formel (mar 03) |
Méthodes heuristiques pour l'alignement local de séquences d'ADN | exposé (fr) | pps |
|
AS algorithmique et séquences (jan 03) |
YASS : recherche de similarités dans les séquences d'ADN | exposé (fr) | pps |
| poster RECOMB 2003 | YASS : similarity search in DNA sequences |
abstract (en) |
|
| ps.gz | |||
|
poster (en) |
pps | ||
| poster ECCB 2002 | A new method of finding similarity regions in DNA sequences |
abstract (en) |
|
| ps.gz | |||
|
poster (en) |
pps | ||
