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I'm an assistant professor of computer science & bioinformatics at the IEEA (Informatique Electronique Electrotechnique Automatique) UFR of the Université Lille 1. Most of my teaching is done within the FIL (Formations en Informatique de Lille 1), at the Licence Informatique de Lille 1, the Master Informatique de Lille 1, and the Master MIAGE de Lille 1. I also teach in the Master Génomique et Protéomique.

I'm a member of the BONSAI bioinformatics & computational biology research group located in the LIFL (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille) lab. and INRIA (Institut National de Recherche en Informatique et Automatique) Lille - Nord Europe research center.

My research interests include bioinformatics, computational biology, string algorithms, text indexing, ...

  • email:
  • address:
    Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille,
    UMR CNRS 8022, Bat M3 Ext.
    Université Lille1 - Sciences et Technologies
    59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France
  • phone: +33 3 28 77 85 66, lab. fax: +33 3 28 77 85 37
  • publications: html or hal

    for (pre)prints : scholar, rg, dblp, pubmed, arxiv


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Enseignements : quelques documents utiles (Licence et Master)

BIOINFO
(2008-2014)
M1-GenPro, Cours et TD
(responsable du module)
moodle
cours
tds
exams & contrôles
RSX
(2005-2014)
reseaux
Divers + contrôles de TD
(co-responsable du module)
td3-exo1
td3-exo6-q3-v1
td3-exo6-q3-v2
td3 associé
tp3-dns
tp3-rfc1035
tp3 associé
mars 2013
mars 2012
mars 2011
mars 2010
avril 2008
mai 2007
juin 2006
ALGO
(2010-2013)
algorithmique en ADA
formules
API 1
(2007-2010)
algorithmes et programmation impérative
contrôles de TD
mai 2010
mars 2010
mai 2009
avril 2008
mars 2008
API 2
(2005-2006)
algorithmes et programmation impérative
contrôles de TD
octobre 2005
novembre 2005
ASE
(2005-2009)
architecture des systèmes d'exploitation
contrôles de TD
novembre 2008
novembre 2007
novembre 2006
novembre 2005
td associé
BIOINFO
(2005-2006)
MGM, Cours-TP cours-tps
BIOINFO
(2008-2010)
MRI, Cours cours
ELFE
(2005-2009)
programmation logique & fonctionelle
(anciens) contrôles de TDs
(désormais évalué par 2 examens)
octobre 2005
decembre 2005
PJI
(2010-2013)
Projet Individuel
(ex-responsable du module)
portail fil
serveur des projets
PDC
(2007-2008)
Pratique du C
proposition de TP sur les triominos
(l'idée vient d'un TP d'EIFFEL de l'ESIAL)
sujet
exemples
PDS
(2010-2013)
Pratique des Systemes
(tests réalisés [ongoing])
mtcc (multi-threaded chat client)
tp5 associé
Java
(2003-2005)
examens en MIAS2 (Epinal) janvier 2003
janvier 2003 (annexes)
janvier 2004
janvier 2004 (annexes)
septembre 2004
janvier 2005
janvier 2005 (annexes)
juin 2005
Java
(2003-2005)
TD/TP en MIAS2 (Epinal) tds java
tp diamond mine

Documents

NAR 2014 Improved search heuristics find 20 000 new alignments between human and mouse genomes paper
JOBIM 2013 Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle paper (fr)
soft (fr)
slides
Bioinformatics 2012 SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in meta transcriptomic data paper
suppl
soft
BPAST 2012 Efficient alternatives to PSI-BLAST paper
BIOSTEC 2011 Subset seed extension to Protein BLAST paper
soft
ABI 2010 Designing efficient spaced seeds for SOLiD read mapping paper
soft
expe
RECOMB 2010 Seed design framework for mapping SOLiD reads
( © Springer-Verlag )
paper
slides
AMB 2010 Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations paper
soft
TCBB 2009 On subset seeds for protein alignment paper
expe
WABI 2009 Back-translation for discovering distant protein homologies
( © Springer-Verlag )
paper
slides
JOBIM 2009 Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment paper
BMC Bioinf. 2008 Optimal neighborhood indexing for protein similarity search paper
soft
ALBIO 2008 Efficient seeding techniques for protein similarity search
( © Springer-Verlag )
paper
slides
Trends in Gen. 2007 Reconsidering the significance of genomic word frequencies paper
expe
CIAA 2007 Subset seed automaton
( © Springer-Verlag )
paper
slides
PBC 2007 Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
( © Springer-Verlag )
paper
JBCB 2006 A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds paper
soft
NAR 2005 YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search paper
soft
WABI 2005 A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds (extended abstract)
( © Springer-Verlag )
paper
TCBB 2005 Multiseed Lossless Filtration paper
BMC Bioinf. 2004 Improved hit criteria for DNA local alignment paper
CPM 2004 Multi-Seed Lossless Filtration
(extended abstract)
( © Springer-Verlag )
paper
slides
BIBE 2004 Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments paper
slides
JOBIM 2004 Improved hit criteria for DNA local alignment paper
slides
Research Report A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds paper
link
Research Report Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments paper
link
Research Report YASS : similarity search in DNA sequences paper
link
Thèse Recherche de similarités dans les séquences d'ADN: modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces rapport (fr)
exposé (fr)
DEA recherche de répétitions distantes dans les séquences rapport (fr)
exposé (fr)

Presentations/Posters

Bonsai
(juin 14)
Improved search heuristics find 20000 new alignments between human and mouse slides
Journées au vert
(juin 13)
Rapide bilan 2013 exposé (fr)
ANR mi-parcours
(mars 12)
Contexte lillois et interactions exposé (fr)
Journées au vert
(juin 11)
Quelques slides sur les gr__n_s exposé (fr)
Exposé équipe
(nov 10)
description Mappi exposé (fr)
Journées au vert
(juin 10)
Quelques slides sur les NGS et leur utilisation ... exposé (fr)
poster WABI 2009 Read mapping tool for AB SOLiD data abstract
poster
Journées au vert
(mai 09)
Alignement SIMD pour le read mapping exposé (fr)
poster JOBIM 2008 Protein sequence alignment via anti-translation abstract
poster
Journées Cocogen
(mar 08)
Quelques slides sur les graines ... slides
Journées algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique
(sept 07)
Automate de graines sous-ensemble slides
résumé (fr)
poster JOBIM 2007 Graines espacées et recherche d'ARN non-codants résumé (fr)
poster (fr)
Exposé équipe
(mar 06)
Comparaison de séquences génomiques exposé (fr)
Thèse
(sep 05)
Recherche de similarités dans les séquences d'ADN: modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces exposé (fr)
AS Indexation du texte et Découverte de motifs
(dec 04)
Sensibilité de graines espacées du type subset seed exposé (fr)
résumé (fr)
AS Index et Motifs
(mai 04)
Sélection d'oligo-nucléotides spécifiques à l'aide de familles de graines exposé (fr)
résumé (fr)
Séminaire Symbiose
(mar 04)
Techniques de filtrage à l'aide de graines espacées exposé (fr)
Mathématiques pour le génome
(dec 03)
Filtrage à l'aide de graines pour l'alignement local exposé (fr)
AS Index et Motifs
(oct 03)
Utilisation de familles de graines pour la recherche de motifs par filtrage exposé (fr)
résumé (fr)
Ecole Jeunes Chercheurs en Algorithmique et Calcul Formel
(mar 03)
Méthodes heuristiques pour l'alignement local de séquences d'ADN exposé (fr)
AS algorithmique et séquences
(jan 03)
YASS : recherche de similarités dans les séquences d'ADN exposé (fr)
poster RECOMB 2003 YASS : similarity search in DNA sequences abstract
poster
poster ECCB 2002 A new method of finding similarity regions in DNA sequences abstract
poster