Algorithmique, combinatoire du texte et
applications en bio-informatique

26, 27 et 28 septembre 2007 - Marne-la-Vallée


Cette réunion est organisée conjointement par le GDR Bio-Informatique Moléculaire (groupe Analyse de séquences) et le GDR Informatique Mathématique (groupe Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome). Les thèmes abordés vont de la combinatoire et de l'algorithmique du texte aux applications avancées en bio-informatique et en biologie. C'est également l'occasion de célebrer l'émeritat de Maxime Crochemore.

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Programme

Mercredi 26 septembre

10hAccueil
11hValidation et génération de tableaux de Knuth-Morris-Pratt. Jean-Pierre Duval, Thierry Lecroq et Arnaud Lefebvre [PDF]
11h40Text fingerprinting. Matthieu Raffinot [PDF]
12h20Déjeuner à l'ESIEE
14h00Mise à jour incrémentale de tableau des suffixes en cours de recodage. Pierre Peterlongo [abstract]
14h40Énumeration et caractérisation des arbres compacts des suffixes. Nicolas Philippe, Thierry Lecroq [PDF]
15h20Algorithmes rapides de recherche d'un motif approché par minimisation des erreurs ou par maximisation des identités dans des fenêtres minimales. Anthony Mathelier [PDF]
16hPause
16h30Représentation par jeu du chaos de séquences d'ADN. Thibaut Henin [abstract]
17h10Mes histoires d'amour avec les travaux de Maxime Crochemore. Gregory Kucherov [PDF]
18h10Pot en l'honneur de Maxime Crochemore offert par l'Institut Gaspard Monge

Jeudi 27 septembre

9h15Analyse de la compression par anti-dictionnaire. Julien Fayolle [PDF]
9h55On dictionary-symbolwise compressors. Filippo Mignosi [abstract]
10h35Pause
11h05Subset Seed Automaton. Laurent Noé [PDF]
11h45On the substring cover problem. Stéphane Vialette [abstract]
12h25Déjeuner à l'ESIEE
14h00Notion de Pattern Markov Chain (PMC) et application à l'étude de la distribution d'un motif dans une chaînes de Markov.Grégory Nuel [PDF]
14h40Statistique de motifs dans des séquences hétérogènes. Etienne Roquain [PDF]
15h20Calcul de P-valeur efficace et exact pour un motif PWM. Jean-Stéphane Varré [PDF]
16h00Pause
16h30P-value Calculation for Heterotypic Clusters and its Use in Computational Annotation of Regulatory Sites. Valentina Boeva [PDF]
17h10Mes histoires d'amour avec les travaux de Maxime Crochemore II. Marie-Pierre Béal [PDF] et Dominique Perrin [PDF]

Vendredi 28 septembre

9h15ISHAPE : new rapid and accurate software for haplotyping. Olivier Delaneau [PDF]
9h55Using Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats in micro-evolution studies. Ibtissem Grissa, Gilles Vergnaud et Christine Pourcel [PDF]
10h35Pause
11h05Approche pseudo-booléenne pour le calcul de distance entre génomes avec duplications. Sébastien Angibaud [PDF]
11h45Variable Length Stochastic Acyclic Automata Applied for Multilocus Association Mapping in SNP Data Analyses. Tran Trang [PDF]
12h25Fin des journées

Informations pratiques

Les journées se tiendront dans les locaux de l'Institut Gaspard Monge: amphitheatre Maurice Gross, batiment Copernic, sur le campus de l'Université Marne-la-Vallée. Le campus est desservi par le RER A, station Noisy-Champs.

[ plan d'accès]

Pour l'hébergement, les hotels Ibis Champs sur Marne et Formule 1 Marne-la-Vallée se trouvent à proximité immédiate. Il est egalement possible de loger sur Paris.

Les participants qui le désirent peuvent éventuellement bénéficier d'une subvention pour la prise en charge de leur mission, au cas par cas. Merci d'adresser votre demande à sequences@lifl.fr.

Participants

Les inscriptions sont closes depuis le 7 septembre.

(91 inscrits)

Omar AIT MOUS - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Julien ALLALI - LaBRI, Université de Bordeaux I
Jean-Paul ALLOUCHE - LRI - UMR 8623 - Université Paris-Sud
Sébastien ANGIBAUD - LINA CNRS FRE 2729 - Université de Nantes
Delphine AUTARD - Inserm - DISC/IST
Frédérique BASSINO - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Marie-Pierre BEAL - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Nicolas BEDON - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Virginie BERNARD - Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA) - Evry
Jean BERSTEL - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Universite Paris-Est
Guillaume BLIN - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Valentina BOEVA - Laboratoire de l'Informatique, Ecole Polytechnique
Jérémie BOURDON - LINA CNRS FRE 2729 - Université de Nantes
Fabrice BOUTAREL - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Laurent BRAUD - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Solenne CARAT - Inserm U533
Peggy CENAC - Institut de Mathématiques de Bourgogne (IMB), Université de Bourgogne
Brigitte CHAUVIN - Laboratoire de Mathematiques de Versailles
Richard CHRISTEN - Laboratoire UMR 6543 CNRS - Universite de Nice
Julien CLEMENT - GREYC Université de Caen
François COSTE - IRISA - Projet Symbiose - Rennes
Maxime CROCHEMORE - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Cédric CURCIO - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Julien DAVID - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Matthieu DEFRANCE - Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et Réseaux
Olivier DELANEAU - Chaire de Bioinformatique - Conservatoire National des Arts et Metiers
Alain DENISE - LRI - UMR 8623 - Université Paris-Sud
François-Olivier DESMET - Laboratoire de Génétique Moléculaire - IURC, Institut Universitaire de Recherche Clinique
Philippe DESSEN - Genomes et Cancers FRE 2939 CNRS - IGR - Villejuif
Trong Hieu DINH - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Jean-Yves ENJALBERT - CIB, Universite Lille 2
Chiara EPIFANIO - Università di Palermo
Isabelle FAGNOT - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Julien FAYOLLE - LRI - UMR 8623 - Université Paris-Sud
Eric FEKETE - LMV, universite de Versailles
Francesca FIORENZI - Laboratoire LRI - Université Paris-Sud 11
Arnaud FONTAINE - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Karl FORNER -
Matthias GALLE - Centre de Recherche INRIA Rennes - Bretagne Atlantique
Laura GIAMBRUNO - Università di Palermo
Anastasia GIOTI -
Fabienne GRANIER - Station de génétique et amélioration des plantes - INRA Versailles
Ibtissem GRISSA - Université Paris-Sud - Institut de Génétique et Microbiologie - UMR 8621 CNRS
Richard GROULT - Laboratoire de Recherche en Informatique d'Amiens
Cécile GUICHARD - Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA) - Evry
Pierre GUILLON - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Thibaut HENIN - IRISA - Projet Symbiose - Rennes
Ngoc Minh HOANG - Laboratoire CIB - Lille 2
Denis JACKOWSKI - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Julien JACQUES - IRISA - Projet Symbiose - Rennes
Roman KOLPAKOV - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Gregory KUCHEROV - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Taoufik LABIB - CNAM INSERM
Christophe LALANNE - Centre International d'Études Pédagogiques (CIEP) - Pôle évaluation et certifications
Thierry LECROQ - LITIS - Université de Rouen
Marion LELEU - Epigenetics and Development Section - MRC, Clinical Sciences Centre, Imperial College - London
Florence LEVE - LaRIA (Laboratoire de Recherche en Informatique d'Amiens)
Aude LIEFOOGHE - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Sylvain LOMBARDY - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Christophe MALABAT - Génétique des interactions Macromoléculaire - Institut Pasteur
Anthony MATHELIER - Équipe Génomique Analytique - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6
Frederic MEUNIER - ENPC, Laboratoire Ville, Mobilite, Transport
Filippo MIGNOSI - Dipartimento di Informatica Universita' dell'Aquila - Italie
Mohamed MOUNIROU - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Laurent NOE - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Grégory NUEL - Laboratoire de Statistique et Génome - Evry
Dominique PERRIN - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Universite Paris-Est
Pierre PETERLONGO - IRISA - Projet Symbiose - Rennes
Nicolas PHILIPPE - LITIS - Univesité de Rouen
Nicolas POUYANNE - Laboratoire LMV, Université de Versailles St Quentin
Maude PUPIN - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Mathieu RAFFINOT - LIAFA - CNRS - Université Paris Diderot - Paris 7
Mahatsangy RAHARIJAONA - Institut du Thorax - Inserm U533
Mireille REGNIER - Laboratoire INRIA- Projet ALGO
Gwénaël RICHOMME - Laboratoire de Recherche en Informatique d'Amiens
Giuseppina RINDONE - Laboratoire d'informatique de l'Institut Gaspard-Monge - Université Paris-Est
Eric RIVALS - LIRMM - Montpellier
Etienne ROQUAIN - MIG - INRA
Irena RUSU - LINA CNRS FRE 2729 - Université de Nantes
Franck SAMSON - Unité de Recherche en Génomique Végétale (INRA) - Evry
Cédric SAULE - LRI - UMR 8623 - Université Paris-Sud
Sophie SCHBATH - Unité Mathématique, Informatique et Génome - INRA Jouy-en-Josas
Morgane THOMAS-CHOLLIER - Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et Réseaux
Hélène TOUZET - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Trang TRAN - Unit of Bioinformatics and Modeling - Université de Liège - Belgique
Jean-Valerie TURATSINZE - Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et Réseaux
Brigitte VALLEE - GREYC - Universite de Caen
Jacques VAN HELDEN - Laboratoire de bio-informatique des génomes et des réseaux - ULB Bruxelles
Jean-Stephane VARRE - LIFL - UMR USTL/CNRS 8022 - INRIA Sequoia
Stéphane VIALETTE - LRI - UMR 8623 - Université Paris-Sud
Yu ZHOU - LRI - UMR 8623 - Université Paris-Sud

Comité d'organisation

Guillaume BLIN, Institut Gaspard Monge, Marne la Vallée
Antoine de DARUVAR, Plateforme génomique fonctionnelle, Bordeaux
Jacques van HELDEN, Laboratoire de bio-informatique des génomes et des réseaux - ULB Bruxelles
Gregory KUCHEROV, LIFL - INRIA SEQUOIA, Lille
Thierry LECROQ, LITIS, Rouen
Gwenael RICHOMME, LARIA, Amiens
Hélène TOUZET, LIFL - INRIA SEQUOIA, Lille
Stéphane VIALETTE, LRI, Orsay