Groupe de travail Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome
du GDR Informatique Mathématique
Le GDR (Groupement de Recherche)
Informatique Mathématique est une action structurante nationale
financée par le CNRS. Son objectif est
d'animer et organiser la recherche en France dans le domaine frontalière entre
l'informaitique et les mathématiques. Le
GDR Informatique Mathématique
est composé de trois pôles suivants :
- Algorithmique et combinatoire
- Calcul formel, arithmétique et géométrie
- Logique et complexité
Notre groupe de travail fait partie du premier pôle, composé de cinq
groupes de travail :
Groupe de travail COMATEGE: Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome
Ce groupe de travail regroupe des équipes de recherche et des chercheurs individuels travaillant
dans les domaines de combinatoire de mots, algorithmique textuelle et traitement
informatique des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines). Une partie notable
de cette communauté appartient également à la communauté bioinformatique et participe
de ce fait également au GDR Bioinformatique Moléculaire. Les objectifs du groupe de travail COMATEGE incluent :
- avoir une vue synthétique et prospective des recherches francaises dans ce domaine
- organiser des journées annuelles
- relayer via la liste de diffusion les informations pouvant intéresser la communauté
- mieux intégrer dans la communauté les chercheurs isolés
- participer au financement de manifestations liées au thème
- organiser des visites-échanges entre doctorants
Journées nationales
En 2007, les journées nationales
du GT COMATEGE ont eu lieu les 26-28 septembre à
l'Université Marne-la-Vallée. Elles ont été organisées conjointement avec le
groupe Analyse de séquences du
GDR Bioinformatique Moléculaire.
En 2008, les journées du groupe auront lieu les 17-19 septembre
à Rouen. La page Web des journées est ICI. Elles seront communes avec le GT Systèmes
dynamiques, automates et algorithmes. Réservez ces dates dans vos plannings et inscrivez-vous dès maintenant !
Projets ANR
Les projets ANR dans lesquels des participants du groupe COMATEGE sont impliqués :
- Brasero: Biologically
Relevant Algorithms and Softwares for Efficient RNA Structure
Comparaison, appel blanc 2006-2009
- RNA RECOD :
Influence of mRNA structures on ribosome accuracy, appel blanc 2006-2009
- LAREDA : Lattice Reduction Algorithms: Dynamics, Probabilities,
Experiments, Applications, projet blanc 2006-2009
Composition du groupe : équipes et participants
Les membres permanents (chercheurs et enseignants-chercheurs) sont indiqués
en police noire.
Les membres non-permanents (post-docs, ATER et doctorants)
sont indiqués en police verte.
Merci de signaler toute erreur ou omission à Gregory.Kucherov[AT]lifl.fr
LIFL, Lille, équipe SEQUOIA
- Gregory Kucherov
- Hélène Touzet
- Jean-Stéphane Varré
- Jesper Jansson
- Laurent Noé
- Mathieu Giraud
- Maude Pupin
- Alban Mancheron
- Arnaud Fontaine
- Aude Liefooghe
- Azadeh Saffarian
- Marta Girdea
- Ségolène Caboche
- Sylvain Guillemot
LIFL, Lille, équipe Calcul Formel
- Hoang Ngoc Minh
- Christian Costermans
Université Marne-la-Vallée, Laboratoire d'Informatique
- Marie-Pierre Béal
- Chloe Rispal
- Cyril Nicaud
- Dominique Perrin
- Isabelle Fagnot
- Frédérique Bassino
- Giuseppina Rindone
- Guillaume Blin
- Jean Berstel
- Maxime Crochemore
- Nicolas Bedon
- Stéphane Vialette
- Sylvain Lombardy
- Laurent Canet
LIAFA, Paris, équipe Automates et applications
- Jean-Eric Pin
- Christian Choffrut
LIAFA, Paris, équipe Algorithmique et combinatoire
INRIA-Rocquencourt, projet ALGO et LIX, Paris
- Mireille Régnier
- Jean-Marc Steyaert
- Pierre Nicodème
- Valentina Boeva
- Thuong Van Du Tran
- Mahsa Behzadi
LIRMM, Montpellier
- Valérie Berthé
- Patrice Séébold
- Eric Rivals
- Annie Chateau
- Thomas Fernique
- Raluca Uricaru
- Sébastien Leclerq
Université de Savoie, Annecy, équipe de logique
- Laurent Vuillon
- Guillaume Theyssier
Univesrité de Nantes, équipe ComBi
- Irena Rusu
- Guillaume Fertin
- Jérémie Bourdon
- Christine Sinoquet
- Damien Eveillard
- Sébastien Angibaud
- Freddy Cliquet
Université de Picardie, Amien, LaRIA
- Gwénaël Richomme
- Florence Levé
- Francis Wlazinski
- Richard Groult
LaBRI, Bordeaux
- Serge Dulucq
- Isabelle Dutour
- Julien Allali
- Pascal Ferraro
- Aida Ouangraoua
- Géraldine Jean
LRI, Orsay, équipe de bioinformatique
- Alain Denise
- Claire Herrbach
- Annelyse Thévenin
- Cédric Saule
LRI, Orsay, équipe Algorithmique et Complexité
- Jean-Paul Allouche
- Pascal Ochem
LRI, Orsay, équipe Programmation et Génie Logiciel
Université de Rouen
- Thierry Lecroq
- Arnaud Lefebvre
- Jean Neraud
- Carla Selmi
- Elise Janvresse
- Martine Léonard
- Said Abdeddaim
- Thierry de la Rue
- Giovanna Guaiana
- Elise Prieur
Université de Caen, équipe Algorithmique
- Brigitte Vallée
- Julien Clément
Université Louis Pasteur Strasbourg, LSIIT
- Christian Michel
- Gabriel Frey
- Alexis Criscuolo
- Ahmed Ahmed
- Emmanuel Benard
IRISA, Rennes, équipe Symbiose
LORIA, Nancy, équipe Adagio
Université Libre de Bruxelles, Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux